Главная - 
Словарь Русских фамилий - 
буква С - Сайко
 
САЙКИН САЙКО САЕНКО САЙКОВ
Может быть, от  слова 'сайка' (хлебец), но  чаще от имени Сайка, то есть  Исайка, Исай. Начальное и в  русских именах часто отпадало:  Илларион - Ларион, Исидор -  Сидор, наконец, Иван - Ваня. (Ф)  
В Ономастикоен Веселовского есть Сайко Федорович Медиков, 1545 г. Сайка -1) белый хлеб крутого замеса, 2) мелкая рыба, род наваги.Украинский Саенко, вероятно, в этом же ряду Исай - Сай - Саенко.